Die Räume im Erdgeschoss zeigen eine archäologische Sammlung, die Vorgeschichte, Römerzeit und Frühmittelalter der Stadt Regensburg und der Oberpfalz zeigt.
Die Römerabteilung ist besonders beliebt: Als "Castra Regina" war Regensburg als römisches Legionslager der wichtigste Militärstützpunkt an der Grenze des Römischen Reichs im heutigen Bayern. Die Römerabteilung des Historischen Museums in Regensburg zeigt spannende Exponate aus der Zeit des 1. bis 5. Jahrhunderts nach Christus. So gehören die Gründungsinschrift, ein Münzschatz und viele weitere wertvolle Funde und Rekonstruktionen zu den Ausstellungsstücken.
Im ersten Obergeschoss befinden sich die Abteilungen für Stadtgeschichte und Volkskunde, der zweite Stock zeigt unter anderem religiöse Kunst und kunsthandwerkliche Exponate. Besonders sehenswert ist der Kreuzgang mit einem spätgotischen Brunnen.