Abteilung Vorgeschichte
In zwei großen Ausstellungssälen bietet die Abteilung Vorgeschichte unter dem Titel "Die prähistorische Oberpfalz" mit ihrem reichhaltigen archäologischen Fundmaterial einen detaillierten Überblick über die regionale Entwicklung von der Altsteinzeit bis zu dem Ende der keltischen Zivilisation. So wird der Bogen vom ältesten Artefakt der Oberpfalz, dem etwa 250.000 Jahre alten Faustkeil von Pösing, bis zu den jüngsten Fundstücken vom Ausgang der Keltenzeit im 1. jahrhundert v. Chr. gespannt. Zu den anschaulichen Gräbern aus verschiedenen Perioden zählt auch der "erste Regensburger" vom Beginn der Jungsteinzeit (um 5500 v.Chr.).
Abteilung Römisches Regensburg
Bei Besuchern des Historischen Museums, ob alt oder jung, ist sie besonders beliebt: die Römerabteilung mit ihren eindrucksvollen Zeugnissen aus der Zeit des 1. bis 5 Jahrhunderts nach Christus, als Regensburg, "Castra Regina", der wichtigste Militärstützpunkt an der Grenze des Römischen Reichs im heutigen Bayern war. Die Gründungsinschrift, ein Münzschatz und zahlreiche andere wertvolle Fundstücke, daneben anschauliche Modelle und Rekonstruktionen: All das lässt das römische Regensburg wieder lebendig werden, seine Strukturen, sein Alltagleben, seinen hohen Stand der Zivilisation. Seit 2003 präsentiert sich die Abteilung in neuer, zeitgemäßer Gestaltung.
Abteilung Regensburg im Mittelalter
Für die Mittelalterabteilung stehen in Regensburgs Historischem Museum die idealen Räumlichkeiten zur Verfügung. Das Haus geht in wesentlichen Bestandteilen auf das ehemalige Minoritenkloster zurück; in dessen erhalten gebliebener Kirche und dem angrenzenden Kreuzgang ist die Atmosphäre vergangener Jahrhunderte noch deutlich zu spüren. In dieser originalen Umgebung wird die Stadt des Mittelalters wieder lebendig. Der Bogen spannt sich von der politischen Verfassung über die vielfältigen wirtschaftlichen Aktivitäten bis zum Alltagsleben und zur Kunst der Stadt und der ganzen Region.