Die Kirche des ehemaligen Benediktinerklosters wurde bereits 1140 zusammen mit dem Kloster geweiht. Im 16. Jahrhundert erhielt die Kirche ein gotisches Gewölbe. Nachdem die letzten Mönche 1555 im Zuge der Reformation das Kloster verließen, übergab Herzog Wilhelm V. die Klostergebäude an die Ingolstädter Jesuiten, die im Querschiff der Kirche eine zweistöckige Gruft erbauten. Nach einem verheerenden Brand im Jahr 1701 bauten sie die Klostergebäude in schlichter Form wieder auf. Durch die Aufhebung des Jesuitenordens durch den Papst im Jahr 1773 wurde das Kloster an den Malteserritterorden übergeben.
Nach dessen Aufhebung gingen die Klostergebäude 1808 in Privatbesitz. Vom 13. Jahrhundert bis 1991 gab es zudem die Klosterbrauerei Biburg und in den 70er Jahren war im vorderen Flügel des Klostertrakts ein Hotel untergebracht. Momentan wird die Denkmal geschützte ehemalige Klosteranlage saniert und zu einem modernen Wohnkomplex umgebaut.
Die ehemalige Klosterkirche ist seit 1785 die Pfarrkirche von Biburg.Â
In der Klosterkirche sind vor allen Dingen die Grabdenkmäler der Äbte des Klosters aus der Spätgotik und Renaissance und das Chorgestühl im südlichen Teil des Querschiffes aus dem 16. Jahrhundert sehenswert.