Herzog Otto der Erlauchte ließ die Kirche zu Ehren seines Vaters, Ludwig der Kelheimer, erbauen, der am 15. September 1231 auf dem Heimweg zum Schloss von einem Unbekannten ermordet wurde.
Der Hochaltar steht angeblich an der Stelle, an der sein Vater den Tod fand. Zusätzlich zur Kapelle stiftete er ein Spital, das 1490 eingerichtet werden konnte. Die Kapelle wurde zur Stiftskirche umfunktioniert und im 16. Jahrhundert mit dem Schiff erweitert.
Die Kirche wurde im 19. Jahrhundert erneut verändert und in den Jahren 1990/1991 restauriert.
Die Innenausstattung der Ottokapelle bzw. der ehemaligen Spitalkirche St. Johannes ist kunsthistorisch von Interesse. Der Hochaltar steht angeblich an der Stelle, an der sein Vater, Herzog Ludwig I. bzw. Ludwig der Kelheimer, den Tod fand.
Hinweis: Die Ottokapelle kann nur von außen oder bei speziellen Führungen (nicht regelmäßig) besichtigt werden.