Während des Landshuter Erbfolgekrieges brannte die Schlosskapelle im Jahr 1504 nieder. An ihrer Stelle errichteten die Siegenburger eine neue Kirche. 1816 wurde der heutige Kirchturm angebaut.
Durch das Aufblühen des Hopfenanbaus erlebte Siegenburg im 19. Jahrhundert einen wirtschaftlichen Aufschwung, was zur Folge hatte, dass der Ort wuchs und somit die Kirche für die gesamte Bevölkerung zu klein wurde. Somit wurde ab 1892 mit dem Neubau einer Kirche begonnen. Diese konnte am 19. Juli 1894 feierlich eingeweiht werden.
Zur 100-Jahr-Feier wurde die Kirche St. Nikolaus komplett innen und außen restauriert und erstrahlt heute wieder in ihrem ursprünglichen Glanz als "Dom der Hallertau".