Im Jahr 1297 wurde eine Pfarrkirche das erste Mal erwähnt. Anfang des 15. Jahrhunderts begann man mit dem Neubau der heutigen Pfarrkirche. Zunächst ließ man das basilikale Langhaus und um ca. 1460 den Chor errichten. 1513 war der Bau vollendet.
In den Jahren 1862/1863 wurde der bis dahin an der Westfront stehende Turm neu errichtet. 1877 erfolgte die Erweiterung des Langhauses unter Einbeziehung des Turmes, die Erhöhung des Mittelschiffs und der Anbau der südlichen Vorhalle. Zusätzlich wurden zwischen die Strebepfeiler des Chorhaupts wurde eine Nische für den Hochaltar eingezogen.
Zwischen 1983 und 1984 wurde die Kirche von außen restauriert.
Heute ist das Äußere der Kelheimer Stadtpfarrkirche von den Veränderungen im 19. Jahrhundert geprägt. Nur der Chor mit den gestuften Strebepfeilern, die Fenster und der Turm zeigen noch spätgotische Bauelemente.
Der einst sehr einfache Innenraum wurde mit neugotischen Einbauten und Elementen im Sinne des Historismus ausgestattet. Der monumentale Altar aus Kelheimer Marmor zeigt eine überlebensgroße Freifigurengruppe der Marienkrönung.
Die Seitenaltäre stammen aus den Jahren 1862 bis 1864. In der Predella befindet sich ein bemerkenswertes Relief um 1520, das den Marientod zeigt. Geschnitzte Reliefs und Freifiguren schmücken die aufwendig gearbeitete neugotische Kanzel.